Tại Bệnh viện Quân y 175, ông Bảy được chẩn đoán hôn mê sâu, xuất huyết não lượng lớn. Bệnh viện đã mời hội chẩn các chuyên gia nội và ngoại thần kinh về trường hợp này. Các bác sĩ ở đây đã cố gắng hết sức, tuy nhiên ông vẫn không thể qua khỏi.
Đại tá, Anh hùng Nguyễn Văn Bảy là một trong 19 phi công Việt Nam đạt đẳng cấp ACES - danh hiệu có từ Chiến tranh thế giới thứ hai dành cho những phi công lái máy bay quân sự có số lần bắn hạ máy bay đối phương đạt con số từ 5 trở lên.
Trong hai năm 1966-1967, ông Nguyễn Văn Bảy đã lái chiếc MiG17 xuất kích 94 lần, 13 lần nổ súng và bắn rơi 7 máy bay Mỹ (gồm hai chiếc F-105 và năm chiếc F-4), sau đó được phong Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân Việt Nam.
Năm 1990, ông Nguyễn Văn Bảy nghỉ hưu, về quê nhà ở huyện Lai Vung (Đồng Tháp).
Ông được nhà nước phong tặng các danh hiệu cao quý gồm Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân, Huân chương Hồ Chí Minh, Huân chương Chiến công hạng nhì, Huân chương Chiến công hạng ba.